有些细菌天生就对某些抗生素耐药。
其他细菌则通过从耐药菌那里获得耐药基因或通过自身基因突变产生耐药性。例如，在20世纪40年代中期，青霉素刚发明后不久，一些个体内的金黄色葡萄球菌已经获得耐药基因，对青霉素产生耐药性。当使用青霉素治疗金黄色葡萄球菌感染时，那些携带耐药基因的菌株即会获得生存优势。缺少耐药基因的金黄色葡萄球菌菌株会被青霉素杀死，使得对青霉素耐药的菌株得以继续繁殖并日益多见。
于是，化学家们调整青霉素的分子结构，使其转变为类似的新药—甲氧西林，可以杀死对青霉素耐药的菌系。甲氧西林发明后不久，对青霉素耐药的金黄色葡萄球菌的菌系又获得对甲氧西林等药物耐药的基因。这些菌株称为耐甲氧西林金黄色葡萄球菌 (MRSA)。
这些导致耐药编码的基因可以传递给新生的细菌，有时候甚至可以传给其他菌系的细菌。
抗生素应用的越多，细菌就越容易产生耐药。因此，专家建议医生仅在必要时开具抗生素，且使用时间越短越好。特别是，医生应只针对细菌引起的活动性感染开抗生素，而不是为了治疗定植。也不应开抗生素来治疗由病毒引起的感染，如感冒或流感。将抗生素用于那些没有活跃细菌感染（例如仅有咳嗽或发冷症状）的患者并不能助其改善症状，反而会助长耐药细菌的产生，并有产生过敏反应和腹泻等副作用的风险。由于抗生素被广泛使用（和滥用），许多细菌对各种抗生素产生了耐药性，而很少有新的抗生素上市。
耐药细菌可以在人与人之间传播。由于出国旅游已经是很平常的事情，因此耐药菌可以在很短的时间内传播到世界各地。这些细菌在医院中的传播尤其令人担忧。耐药菌在医院中很常见，因为医院经常需要使用抗生素，而且医院工作人员和来访者如果不严格遵守适当的卫生程序，也有可能导致细菌传播。同时，由于住院患者免疫功能下降，他们也更易感染耐药菌。
耐药细菌也可以由人传染给动物。家畜感染耐药菌也很常见，因为抗菌素常规被给予健康家畜以预防可能造成减产或疾病的细菌感染。许多国家禁止在动物中使用抗生素来降低以下风险：
在动物食品中摄入耐药菌
通过与动物接触而感染耐药菌
暴露于动物食品中的抗生素